该剧讲述了嘉靖与海瑞的故事。 嘉靖三十九年，腐败横行，民不聊生。 奸臣严嵩（倪大红 饰）党员簇拥，势力强大，而清官海瑞（黄志忠 饰）则不畏强权，敢于挑战腐朽的封建皇权。 皇帝朱厚熜（陈宝国 饰）修道玄玄二十年，始终掌握着明朝的军事、政治、经济大权。 当时中国经济繁荣，市场文化也比较繁荣。 但社会各阶层矛盾突出。 国家大规模的土地兼并，让数百万农民一夜之间失去了赖以生存的土地。 严嵩的专制权力引起了地方各级官员的不满，“还燕”的声音甚嚣尘上。 从上到下，从里到中，从朝廷到地方官员，到处都充满了血腥和尔虞我诈。 当年的忠臣良臣和奸臣奸臣纷纷走上历史舞台……
