1991年，香港黑帮头目尼坤被杀。除了韩辰（曾志伟饰）之外，倪家五大老大都在伺机背叛、发动叛乱。不料，他们却被卑微的倪家二代倪永孝（吴镇宇饰）所杀。此举引起了重案鼻祖黄志诚（黄秋生饰）的警惕，于是派警校学生陈永仁（余文乐饰）潜入倪家，长期从事卧底工作。为了巩固自己的权力，韩沉已经将自己置身于警察之中。线人刘建明（陈冠希饰）被捕。三年后，事业如日中天的倪永孝为了安心，决定剿灭五大首领，却因疏忽，让韩沉漏网。1997年，劫后余生的韩沉回到人间，为死去的同事报仇。黄志诚找到他商量合作除掉倪永孝的事宜。然而他很快发现此举是一个大错误，而各自为尴尬身份困扰的陈、永仁、刘建明在无间道的道路上越走越远。
