故事发生在1926年的纽约，当时麻鸡们对魔法师的抵抗达到了顶峰，以玛丽露（萨曼莎·莫顿饰）为首的反魔法组织活动活跃。与此同时，大街小巷里时不时发生各种灾难和事故，让魔法世界的存在距离暴露只有一根毫毛，整个魔法部陷入了前所未有的紧张气氛中。就在此时，游历世界研究神奇动物的神奇动物学家纽特（埃迪·雷德梅尼EddieRedmayne饰）抵达纽约。他一路上解救了数十只魔法动物，一举一动都在魔法部下属的前傲罗蒂娜（凯瑟琳·沃特森KatherineWaterston饰）的监视下。一次意外中，麻鸡雅各布（丹·福格勒DanFogler饰）误拿了纽特的手提箱，并放出了藏在箱子里的神奇动物。为此，纽特、蒂娜、雅科布和蒂娜的妹妹奎妮（艾莉森·苏朵儿饰）不得不踏上寻找神奇动物的旅程。
