美国纽约繁华大都市中，以邪恶头目施拉德为首的大脚帮正在城市中肆虐，猖獗。 保安公司老板埃里克·萨克斯（威廉·菲德内尔 William Fichtner 饰）推出了最新的保安系统，誓言维护城市的安全。 第六频道女记者阿普丽尔·奥尼尔（梅根·福克斯饰）无意中拍到了大脚帮被四名魔法骑士击败的情景。 当她第二次遇到不寻常的事件时，她惊讶地发现四位著名的骑士竟然是变异的巴西龟：拉斐尔、莱昂纳多、米开朗基罗和多纳泰罗。 《忍者神龟》这个名字唤起了阿普丽尔对童年的回忆，当时她的父亲和萨克斯是生物突变实验的搭档。 她把这个消息告诉了萨克斯，但在与忍者神龟和他的老师斯普林特会面后，她意识到萨克斯和施拉德才是这座城市的邪恶之源……本片改编自同名经典漫画。
