几年前，人类利用超级战舰“鸿天”号在南极击败了“哥斯拉”，并将“哥斯拉”封印在地下。 但除了“哥斯拉”之外，地球上还有很多怪物对人类各大城市虎视眈眈。 于是，人类成立了“地球防卫部”来应对各种怪物的入侵。 地球防卫部最强大的成员是封印了哥斯拉的“猎人”及其队长“道格拉斯·戈登上校”。 另外，为了应对怪物给人类带来的麻烦，地球防卫部专门挑选了具有特殊能力的人类。 这些“超人”拥有普通人类所没有的“M染色体”，赋予了这些人类比普通人类更强大的能力。 体力和应对怪物攻击的敏捷性，其中的佼佼者是“尾崎新一少尉”。 不久前，人们挖出了一只巨大怪物的遗骸，这只怪物同时拥有机械和生物的本质。 人们怀疑，能将生物和机械结合起来的怪物应该来自外太空。 很快，尾崎新一就收到了婴孩岛上“小美人”的警告。 这个怪物就是当年被“魔斯拉”封印的“盖甘”。 盖根的出现代表着人类的危机。 盖出土后不久，世界各地突然同时遭到各大怪物的袭击，这让地球防卫部一时忙得不可开交。 但突然出现的魔法飞行器却将这些怪物全部带走了。 这些自称“X行星”的外星访客宣称自己是人类的朋友，想要与人类建立联盟。 他们甚至声称一颗巨大的行星即将撞击地球。 不过，在尾崎新一、道格拉斯等人的调查下，他们发现基本上没有什么神秘星球即将撞击地球。 那些怪物基本都是入侵地球的外星人释放出来的，而X星球的人基本都是想把人类当作食物。 虽然外星人的真面目已经被揭露，但外星人拥有令人难以置信的超能力，并且拥有听从外星人命令的巨型怪物。 地球防卫军最终被歼灭，只剩下洪天还在苟延残喘。 这时，道格拉斯想出了一个大胆的计划，那就是解开南极洲哥斯拉的封印，让代表地球上最强大怪物的哥斯拉面对这些外星入侵者……
