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继上一部电影之后，传奇剑客平村谦信（佐藤健饰）终于与继承了刽子手悲惨命运的志志雄诚（藤原龙也饰）展开了宿命般的对决。被暴雨笼罩的西式战舰炼狱号上，追随剑心脚步的神谷轻（武井咲饰）被推入漆黑的大海。为了营救心爱的人，剑心不顾一切地跳入大海。恍惚间，剑心看到了自己悲惨的童年，也看到了自己与师父日宫征十郎（福山雅治饰）的初次相遇。当他从昏迷中醒来时，得知自己随海浪漂流到了一座孤岛，恰好被主人救起。在亲身体验了石之雄强大恐怖的实力后，他怀着悲痛的心情，向师父请教了飞天游剑式的最高秘剑法。在承受了身心巨大的考验和洗礼之后，剑心踏上了前往东京的旅程。在此期间，他第一次遇到了在江户不血开城事件中发挥关键作用的特务头目森葵野。紫咲（伊势谷佑介饰）挡住了攻击。另一方面，石志雄的魔爪终于到达了东京。当他得知剑心可能活下来时，他胁迫伊藤博文（小泽征津饰）对这个棘手的对手发出通缉令。曾经为明治维新胜利立下汗马功劳的刽子手拔刀斋此刻面临暗杀罪名。当剑心历经千辛万苦回到东京后，等待他的却是被捕甚至斩首的命运。炼狱之上的决战即将到来。剑心、相良佐之助（青木隆饰）、齐藤和（江口洋介饰）、京都宫廷迷以及以濑田总次郎（神木龙之介饰）为首的十人用剑展开了一系列激烈而刺激的对决。这群从旧时代走向新时代的人们，在他们的心中留下了不可磨灭的印记。如今，他们怀着不同的信仰，押注着全日本的命运，修罗场的善恶之战终于被推向了高潮！
