日本战国时期，不同名号的忍者团体也在黑暗中角力。 星光璀璨的夜晚，伊贺忍者八俣（三间正音 饰）、阵内（柏原原志 饰）、老鼠等人在执行刺杀任务时意外与对手相撞。 就在这时候，天空中突然飘来一颗巨大的火球掠过，让所有人大吃一惊。 野马台回到村子后，在领导的指示下，前往森林探寻火球的真相。 途中，他们结识了同门的琳琳（徐美嘉饰）和同伴，两人结伴同行。 结果，在茂密的森林里，伊贺忍者遭到了不明生物的袭击。 对方身手敏捷，杀伤力十足，忍者纷纷被杀。 野马台、真内、琳琳等人虽然侥幸逃脱，却并不知道外星异族正在蓬勃繁衍。 一时间，伊贺村惨遭毒害，邪马台等人也面临前所未有的挑战……
